首先是选择保护方式。在企业中，知识产权交易引进的知识产权主要体现在专利、商标、版权和域名等方面，而在技术及产品开发阶段，主要以专利和商业秘密居多。一般而言，对于那些容易被破解、仿冒的技术，适合通过提交专利申请来保护，但是对于一些不容易被破解，并且即使被侵权也很难获得侵权证据的技术而言，则适合用商业秘密来保护。当然，在具体操作中，专利和商业秘密并不是二选一的关系，一些技术可能是通过两种方式结合起来的方式进行保护，比如对于宏观的原理可以通过专利进行保护，但是对于一些参数、配方则可以采用商业秘密的方式来保护。
其次，基于技术体系进行布局。如果通过知识产权交易高成本转入的某一技术点较为优良，那么在构建专利防护体系的时候，就不能仅仅基于该技术点进行布局，而需要进一步启发研发人员和专利工程师，从该技术对系统其他方面产生的影响来展开布局，以确保成功构建围绕该技术点的整体专利保护网络。例如，如果在手机终端上使用了某一复用技术，那么在进行专利布局时，一方面要考虑网络接收终端是否应该具有解复用技术，另一方面要考虑复用技术的运用是否会对数据传输有新的要求等等。
再次是基于产业链进行布局。企业在提交专利申请时，传统的做法是一个技术点提交一件专利申请。但是在专利的具体运用中，通常的情况是该专利对于产业链中的各个厂商的影响都不尽相同。因此如果发现某一专利非常重要，而且未来被侵权的可能性较高，那么企业在进行专利布局时，就不能仅仅根据技术点来进行布局，而更多地是要根据产业链各个厂商的具体情况来布局专利，以确保相关专利覆盖到产业链各相关厂商。这样企业在进行维权时，就可以根据产业链中不同厂商的不同情况，利用不同的专利进行维权。同时，基于产业链进行专利布局，可以确保将来在进行专利许可时根据产业链中厂商的具体情况，提出不同的专利组合方案。
最后，知识产权交易之后还可以对专利基于地域进行布局。专利保护具有地域性。企业在进行专利布局时，除在中国进行专利布局外，还需要综合多种因素，考虑在其他国家或地区的专利布局。需要考虑的因素主要有以下几点：一是专利保护力度。一般而言，专利保护水平可以划分以下几个层次。第一层是欧洲、美国、日本等国家和地区，这些国家专利制度较为完善，并且科技发展水平较高，专利执法能力较强。第二层次是巴西、印度、俄罗斯、墨西哥等国家。第三层次是其他发展中国家。二是本公司产品制造销售地。为了更好地保护公司产品的生产和销售，生产和销售地一定是专利布局的重点。三是主要竞争对手及合作伙伴分布地。基于竞争和合作的关系，在竞争对手或合作伙伴涉及的地域，需要重点进行专利布局。