在专利权转让发生纠纷之后，当事人可以选择的纠纷解决途径，除了双方自行协议调解之外，还可以寻求专利管理部门调解或者按照合同约定请求仲裁机构仲裁，亦可以前往法诉讼解决。
专利管理部门调解
当专利权转让纠纷发生时，当事人请求调解专利权纠纷的，由被请求人所在地或者侵权人所在地的管理专利工作的部门进行管辖。值得注意的是，不同于法院的调解，专利管理部门的调解没有法律效力，完全是靠当事人自行解决的。
仲裁机构仲裁
当专利权转让纠纷发生之后，也可以向仲裁机构申请仲裁。仲裁机关作出的仲裁书，具有一定的法律强制力。仲裁机构虽不能强制执行，当事人却可以向法院申请强制执行。不过，需要注意以下的是，当事人如果在转让合同中约定有仲裁条款的，则仲裁为诉讼的前置程序，当事人不得经行诉讼。合同中有仲裁条款的，则仲裁为诉讼的前置程序，当事人不得经行诉讼。合同中没有仲裁条款，事后也未达成仲裁协议的，当事人可以直接向法院起诉。
诉讼途径
向人民法院起诉是当事人在专利转让纠纷中，保护自身权益的最后途径。关于专利权转让纠纷的诉讼管辖问题，有相关的法律规定级别管辖和指定管辖等内容。对于合同中既有专利权转让合同内容更，又有其他合同内容的，当事人就专利权转让合同内容和其他合同内容均发生争议，由具有专利权转让合同纠纷案件管辖权的人民法院受理。