确认发明专利权的案件应当由最初作出具体行政行为的行政机关所在地人民法院管辖。
行政案件由最初作出行政行为的行政机关所在地人民法院管辖。经复议的案件，也可以由复议机关所在地人民法院管辖。
根据《中华人民共和国行政诉讼法》规定
第十五条中级人民法院管辖下列第一审行政案件：
(一)对国务院部门或者县级以上地方人民政府所作的行政行为提起诉讼的案件；
(二)海关处理的案件；
(三)本辖区内重大、复杂的案件；
(四)其他法律规定由中级人民法院管辖的案件。
第十八条行政案件由最初作出行政行为的行政机关所在地人民法院管辖。经复议的案件，也可以由复议机关所在地人民法院管辖。
经最高人民法院批准，高级人民法院可以根据审判工作的实际情况，确定若干人民法院跨行政区域管辖行政案件。